辦理公務機密事項，各承辦人應依規定謹慎核列適當機密等級，並標示於規定位置（公文書標示於左上角）；有關國家機密之核定應依國家機密保護法暨其施行細則辦理，一般公務機密之核定應依「事務管理手冊文書處理」且依下列原則辦理：
1.專責處理：各單位應指定稱職人員專責處理機密文書。
2.減少層次：機密文書由各單位主管拆閱後，退由收發人員依照批示送交主辦單位，由密件承辦人員簽收承辦，並儘量減少處理過程之層次及參與人員。
3.限制分發：機密資料之分發應以其職務上必須知悉或必須持有之人員為限，非經核准，不得公佈或提供複製。
4.妥慎傳送：機密文書之分發，應使用雙封套，內層封套右上角應註明機密等級，並加密封，於封口處加蓋「密封章」，再裝入外封套送發。對外之傳遞，如屬「絕對機密」者由承辦人或指定人員傳遞，屬於「極機密」、「機密」、「密」者，應雙掛號函件或傳遞人員傳送。
5.安全保管：機密文書處理完竣後，應送檔案課歸檔，以集中保管。將機密資料檔案與非機密資料檔案分開保管；於借調檔案時並依相關機密檔案管理之標準作業程序辦理。
6.徹底銷毀：如需銷毀機密文書及資料時，應先繕造焚燬清冊後，依規定會同政風室派員辦理，各單位應購置碎紙機處理平時廢棄之一般公文、機密稿件或文書。
7.各單位不屬於機密等級之資料及行政決定前之擬稿或其他準備作業文件，其內容有限制閱讀必要者，亦應審慎核定標示「限閱」字樣。
8.各單位受理當事人或利害關係人之申請閱覽、抄寫、複印或攝影有關資料或卷宗，以主張或維護其法律上利益有必要者為限，對於上述之申請，有下列情形之一者，得予以拒絕：
(1)行政決定前之擬稿或其他準備作業文件。
(2)一般公務機密，依法規規定有保密之必要者。
(3)涉及個人隱私、職業秘密、營業秘密，依法規規定有保密之必要者。
(4)有侵害第三人權利之虞者。
(5)有妨礙社會治安、公共安全或其他公共利益之職務正常進行之虞者。

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